Salah satu mitos yang dipercayai ramai ateis hari ini adalah zaman yang dipanggil zaman pencerahan – ‘enlightenment’, telah mendatangkan era pemikiran saintifik dan kebebasan politik sebagai tindak balas cengkaman agama yang menindas.
Namun, apa yang mereka tidak sedari adalah kebanyakan pemikir zaman pencerahan tersebut adalah mereka yang beragama; sebilangan besar mereka hanyalah menentang institusi pemerintahan zaman mereka.
Walaupun terdapat banyak pemikir yang mencuba memisahkan agama dengan politik, mereka masih melihat ateisme sebagai penyimpangan dari prinsip – prinsip yang mereka imani. Sebagai contoh, Bapa teori politik Amerika, John Locke, amat menentang idea bahawa ateis boleh menjadi sebahagian masyarakat sekular.
“Akhir sekali, mereka yang tidak sama sekali boleh ditoleransikan adalah mereka yang menidakkan kewujudan Tuhan. Perjanjian, ikrar taat setia, yang menjalinkan masyarakat manusia, tiada sebarang sandaran pada seorang ateis. Penolakan Tuhan, walau hanya pada pemikiran, mencairkan segalanya” (A Letter Concerning Toleration – John Locke)
Maka amat hairan apabila ateis sentiasa merujuk kepada zaman pencerahan sebagai era di mana pemikiran anti agama bermula dan menjadi punca kemajuan tamadun, sungguhpun tidak disokong oleh ideal kebanyakan intelektual elit zaman tersebut.
Begitu juga apa yang ateis tidak fahami, adalah banyak idea yang mereka miliki berkenaan sains dan kemajuan hari ini tidak dipegang oleh kebanyakan pemikir zaman pencerahan, tetapi hanya sebahagian kecil radikal, seperti Auguste Comte, bapa positivisme Perancis. Comte adalah orang pertama yang mengetengahkan idea ketamadunan yang bergerak secara progresif dari agama, kepada metafizik, dan akhirnya positivisme (pemikiran saintifik absolutis).
Beliau juga adalah antara yang terawal yang mengatakan bahawa masyarakat yang mencapai tingkatan ke tiga semuanya lebih tinggi kedudukan mereka dari segi intelek, moral, budaya malah bangsa berbanding masyarakat lain. Dan pemikiran beliau ini kemudian dianggap berubah menjadi satu pemahaman yang hakikatnya tak lain adalah satu agama baru (agama Humanisme yang menggantikan semua agama lain).
Comte adalah, dalam pelbagai sudut, ateis dogmatik pertama. Dan pemikiran beliaulah yang menggerakkan empayar Perancis dan penjajahan negara Afrika Utara. Pemikiran beliau jugalah yang kemudian dipeluk oleh penghujung Empayar Uthmaniah, dibawah tajaan Turki Muda. Pemikiran demikian jugalah yang akhirnya membawa kepada pembunuhan jutaan Armenian.
